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Arlequin是一款专业的人类基因数据分析软件，为从事医学和生物学研究的学者设计，具有AMOVA计算、中性检测、错配分布等功能。例如，大量的分子序列数据和传统的基因频率提供了许多方法和统计测试，可以满足用户对各种基因分析的便利需求。
1、Molecular diversity（分子多态性）
2、Mismatch distribution（错配分布）
3、Haplotype frequency estimation（单倍型频率估计）
4、Linkage disequilibrium（连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联）
5、Hardy-Weinberg equilibrium（哈温—伯格平衡）
6、Tajima`s neutrality test（Tajima中性检验）
7、Fu`s neutrality test（Fu中性检验）
8、Ewens-watterson neutrality test（Ewens-watterson中性检验）
以上三个中性检验都是基于无限位点模型，适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。
9、Chakraborty`s amalgamation test （Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性和中性选择等）
10、Minimu Spanning Network（MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树，，基于分子差异）
11、AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构
12、Pairwise genetic distances （遗传距离的估计）
13、Exact test of population differentiation （检测随机交配群体单倍型的非随机分布）
14、Assignment test of genotype （通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中）
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