Dnaman（综合生物学应用）

Dnaman是一款高度集成的分子生物综合应用软件，用户可以通过该软件在生物学方面进行工作或学习，该软件可用于核酸、蛋白质序列、限制性酶切等分析，几乎涵盖了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作，是DNAman生物学家必备的工具。

软件特色

1、DNA和蛋白质序列编辑。

2、DNA序列转化。

3、多序列比对，对齐编辑和分析。

4、系统树分析。

5、DNA或蛋白质序列的点阵比较。

6、DNA序列组装和编辑。

7、BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索。

8、序列和数据库中的增强型图案搜索。

9、SiRNA选择器。

10、限制分析。

11、绘制序列图与出版品质。

12、限制模式预测。

13、电子克隆。

14、从限制片段重建限制图。

15、静音突变分析创建/破坏限制性位点。

16、导向不匹配以创建/破坏限制站点。

17、翻译和密码子使用分析。

18、蛋白质疏水性/亲水性分析。

19、蛋白质表征：等电点的序列组成和预测。

20、蛋白质二级结构预测。

21、反向翻译。

22、PCR和测序引物的设计。

23、表征DNA或引物序列的热力学性质。

24、分歧分析。

25、管理寡核苷酸，DNA和蛋白质数据库。

26、生成随机序列。

安装步骤

1、双击.exe文件进入DNAMAN安装导向界面，点击【Next】继续安装。

2、进入DNAMAN安装协议界面，点击【I accept the agreement】，然后点击【next】。

3、选择DNAMAN安装位置，点击【next】，软件会默认安装，或者您可以点击【Browse】，弹出安装位置界面，您可以自己选择DNAMAN安装位置，选择完成后点击【NEXT】。

4、准备安装DNAMAN，您可以检查一下软件安装位置是否正确，如果正确点击【Install】。

5、DNAMAN软件正在安装中，您需要耐心等待软件安装。

6、DNAMAN软件安装完成，点击【finish】退出软件安装。

汉化教程

1、安装完成后将汉化补丁复制到安装目录下替换源文件即可，一般默认安装目录为：C:Program Files (x86)DNAMAN。

2、双击DNAMAN_patch.exe，点击【下一步】。

3、点击【开始】就可以。

4、软件会自动汉化，点击确定就可了。

使用方法

1、打开软件点击软件顶部的点击File，在弹出的选择中选择new。

2、在新建好的对话框中输入DNA序列。

3、输入完后，同时按住键盘上Ctrl和A，选中序列，并单击软件顶部“seq”图中以为大家标注出来。

4、然后点击软件顶部的Sequence选项，在弹出的选项中点击Display，在二级菜单中点击Rev.Compl.Sequence。

5、然后就可以得到原序列的反向互补序列。

DNAMAN设计引物

1、先要拿到自己要设计引物的目的基因。

2、打开DNAMAN软件，打开软件后点击软件菜单栏的Primer选项，在弹出的选择中选择Load Primer，在二甲菜单中选择From Input选项。

3、导入文件后，点击菜单栏的Primer选项，在弹出的选项中选择Melting Temperature。

4、打开Melting Temperature对话框，您可以修改Thermo这个选项，Thermo值一般在55℃到70℃之间比较好。

5、从上图可以看到我们这20个碱基的Tm值只有49度，显然太低，需要增加碱基数量。我们取前24个碱基粘贴进去，点击下方Show Tm便可以看到这个引物的Tm值，发现是60.3度，很合适，就用这个了。这样正向引物就设计完了，把这24个碱基序列保存下来。

常见问题

如何用DNAMAN导出序列比对图?

1、打开DNAMAN软件，打开软件后，点击菜单栏的Sequence选项，在弹出的选项中选择Load Sequence，在弹出的二级菜单中点击Multiple，选择您要添加对比的文件。

2、导入序列后，点击Sequence，在弹出的选项中选择Alignment，再选择Multiple Sequence Alignment，参数全部保持默认，点“下一步”就可以。

3、然后就可以得到最终对比结果。

软件功能

1、数据库管理

选择数据库|经理命令打开数据库管理器”对话框。

2、DNA和蛋白质数据库

该软件的数据库功能，允许用户组织DNA和蛋白质序列的不同科目。

3、编辑记录信息

有关特定记录的信息可以编辑。在序列列表框中，所有记录按字母顺序或记录顺序列出。每个记录名字的数量显示记录的记录号ID.用DNAMAN自动分配。因此，您可以为不同的记录使用相同的名称。

4、扫描序列的相似性

它扫描所有的序列记录在默认的数据库搜索当前序列的同源序列。如果默认数据库包含DNA序列，则默认序列必须是DNA序列。如果默认数据库包含蛋白质序列，则默认序列必须是蛋白质序列。DNAMAN将使用快速对准方法扫描数据库的序列相似性。您可以选择对结果的最终输出使用快速对齐或最佳对齐方式。

5、错配分析

错配分析的目的是找到所有可能的退火位点的DNA序列的引物在默认。此功能可用于PCR和DNA测序的引物选择。权重矩阵用来区分引物位置的重要性。由于引物在3’末端对目标DNA的匹配比PCR扩增的5末端更重要，所以更多的权重被赋予3’末端。为了提高PCR引物的特异性，应始终检查引物与靶DNA之间是否存在次级退火位点。

更新日志

1、将bug扫地出门进行到底。

2、有史以来最稳定版本。